Mapala Silvagama mengenal dua bentuk sistem kepengurusan, yaitu pengurus harian dan presidensiil. Pada prinsipnya, perbedaan keduanya ada di hak dan wewenang ketua dan atau ketua umum dalam mengatur organisasi.
Saat ini (periode 2011-2012), Sistem kepengurusan Mapala Silvagama adalah berbentuk pengurus harian. Pengurus harian Mapala Silvagama terdiri atas Ketua Umum, Ketua I, Ketua II, Sekretaris, dan Bendahara serta seluruh perangkatnya. Berikut adalah susunan kepengurusan Mapala Silvagama periode 2011-2012 :
Ketua Umum : Rama Andre Nugroho (XXIV/0643/MSG)
Ketua I (Keorganisasian) : Adnin Damarraya (XXIV/0641/MSG)
- Kepala Litbang : Sulih Primara Putra (XXIV/0645/MSG)
Staf Litbang : Afifah (XXIV/0638/MSG)
- Humas Internal : Judhan Satrio Nugroho (XXV/0647/MSG)
- Humas Eksternal : Farid Zikri (XXV/0651/MSG)
Ketua II (Kepecintalaman): Ari Tri Sewaras Hati (XXIV/0635/MSG)
- Kadiv Lingkungan : Dian Ayu Marita Sari (XXV/0650/MSG)
- Kadiv Rimba Gunung : Sonny Martha Pradana (XXV/0651/MSG)
- Kadiv Panjat Tebing : Gregorius Tri Wijaya (XXV/0656/MSG)
- Kadiv Susur Goa : Runita Pardianti (XXV/0653/MSG)
- Kadiv Arung Jeram : Panji Sudrajat (XXV/0649/MSG)
Sekretaris : Lasmiwati Wulandari (XXIV/0640/MSG)
- Logistik : Dwiki Parisha (XXV/0654/MSG)
Bendahara : Ratna Mutiarini (XXIV/0639/MSG)
- Dana Usaha : Hesty Martiova Artatia (XXV/0661/MSG) :
Dalam catatan sejarah perjalannya, Mapala Silvagama telah dipimpin oleh ketua/ketua umum:
1. Ketua Umum 1980-1981 : Petrus Gunarso
2. Ketua 1981-1983 : Rb. Sugito
3. Ketua 1985-1988 : Purnomo Lusianto
4. Ketua Umum 1988 -1990 : Susilo Sulistiyanto
5. Ketua Umum1990-1991 : Charis Hartanto
6. Ketua Umum 1992-1994 : Reza iryawan
7. Ketua Umum1994-1996 : Apriliantoro
8. Ketua Umum 1996-1998 : Ronald M. Ferdaus
9. Ketua Umum 1998-2000 : Dewi Sulastriningsih
10. Ketua 2000-2001 : Andi Handiman
11. Ketua 2001-2003 : Sudjarwo sudjatmoko
12. Ketua Umum 2003-2004 : Wiryawan
13. Ketua 2004-2006 : Ainul Haq M.
14. Ketua 2006-2007 : Teja Yuwana
15. Ketua 2007–2009 : M. Hilman Triandi Sukma
16. Ketua 2009-2010 : Setia Purbo Kawido
17. Ketua 2011-2012 : Rama Andre Nugroho
